シリーズ20周年、そしてテレビ朝日開局60周年と2つの大きな節目を記念し、2020年3月まで1年間のロングラン放送に挑んでいる『科捜研の女』。

8月8日（木）に放送される第12話では、神社の境内で宝石店の警備スタッフ・春田光彦（モト冬樹）が脇腹を刺されて倒れているところを発見される。

現場に残された“3つのY”と手帳に記された”赤い宝石”、その言葉が示す意味とは？　被害者と容疑者を結ぶ奇跡のような接点にマリコ（沢口靖子）が迫る。

◆第12話あらすじ

神社の境内で、宝石店の警備スタッフ・春田光彦（モト冬樹）が脇腹を刺されて倒れているところを発見された。幸い一命は取り留めたものの、昏睡状態が続いているという。

榊マリコ（沢口靖子）らが臨場したところ、現場には花びらや赤い小さな実のようなものが散乱しており、どうやら春田が犯人に襲われた際、持っていた花束を振り回したようだった。

また、地面には春田が指で記したらしいアルファベットの“Y”が3つ残されていたほか、春田の手帳の事件当日の欄に“赤い宝石”という言葉が書き込まれていたのも大きな謎だった。

土門刑事（内藤剛志）らが花束を販売したフラワーショップを突き止めたところ、現場に散らばっていたのは“ペッパーベリー”という樹木の実だと判明。店主・香坂めぐみ（大村彩子）はそれを”赤い宝石”と名付けて店頭に並べていたことがわかる…。

その後、花束のバラのトゲに付着していた血液から、傷害や恐喝などで4度の逮捕歴がある男・諸星大地（石垣佑磨）のDNAが検出される。しかし、諸星は春田など知らないとシラを切るばかりで、2人の接点がまるで見当たらない。

だが、やがて2人を結ぶ意外な線が浮上。それを知ったマリコは“3つのY”が指し示す、ある“秘密”に気づくが…。はたして“3つのY”とは何を表しているのか？　また、“赤い宝石”という言葉の真の意味とは？

そして――最後にマリコたちがたどり着いたのは、“運命のいたずら”ともいうべき2人の出会いから生まれた、あまりにも切ない真相だった…!?

※番組情報：テレビ朝日開局60周年記念 木曜ミステリー『科捜研の女』第12話
2019年8月8日（木）午後8：00～午後8：54、テレビ朝日系24局ネット